Los Hábitas Naturales de Interés Comunitario identificados ocupan una superficie total de 533 ha, lo que supone el 31% de la superficie del espacio. Sobre todos ellos destacan, por su superficie y por su valor ecológico, los bosques de galería con álamos blancos y negros, alisos, fresnos y sauces blancos de gran porte, que han resistido a la intensa presión humana sufrida en los últimos siglos. El Soto del Bosque, en Briones, los Sotos de Ayamuz y el Codo, en San Vicente de la Sonsierra, el Soto de Buicio, en Fuenmayor, el de los Americanos, en Logroño y la Reserva Natural de los Sotos de Alfaro reúnen las masas de bosques maduros mejor conservados.

En el entorno de los Cortados de Aradón, en Alcanadre, además del espacio fluvial existen cortados rocosos de singular atractivo faunístico y hábitats de interés.

Los sotos fluviales destacan por ser ecosistemas especialmente llenos de vida. Aquí encuentran cobijo mamíferos semiacuáticos como la nutria y el visón europeo, numerosas especies de aves asociadas a espacios fluviales y forestales, y el pez fraile, considerado “vulnerable” a nivel nacional y “en peligro de extinción” en La Rioja. También son los últimos reductos regionales de galápago europeo y galápago leproso.